撤消三司的同时，卫希颜撤消了禁军和厢军的设置，将军队统一命名为『帝国国防军』，此举意义深远，既赋予了军队国家概念，又从隐层次表明军队是保卫国家，而非护卫某个帝王。

其后，卫希颜开始兵改的第三步，裁汰老弱冗余、整编军队。

首先被整编的是京城禁军，其中：护卫皇宫的禁军被整编为国防军御前戍卫军（御卫军），护卫京城的原步军司禁军被整编为国防军京师戍卫军（京卫军），最高长官皆为都统。